За 40 лет с момента подписания Конвенция прошла ряд этапов. Вначале основное внимание уделялось созданию прочной научной базы. Впоследствии упор делался на разработку и согласование постепенно более совершенных протоколов, в то же время обеспечивая актуальность научных знаний. Пересмотр и обновление протоколов, а также их реализация и соблюдение являются основными направлениями деятельности на данном этапе.
Первый протокол, который был подписан в соответствии с Конвенцией (Женевский Протокол к Конвенции о трансграничном загрязнении воздуха на большие расстояния 1979 годя, касающиеся долгосрочного финансирования совместной Программы наблюдения и оценки распространения загрязнителей воздуха на большие расстояния в Европе (ЕМЕП), не устанавливал каких-либо целей по сокращению выбросов, но предоставил схему финансирования мероприятий в рамках Совместной программы мониторинга и оценки распространения загрязнителей воздуха на большие расстояния в Европе. В качестве научной основы Конвенции ЕМЕП с тех пор предоставляет правительствам информацию о выбросах, переносе и осаждении загрязнителей воздуха.
Поскольку кислотные дожди и подкисление рек и озер являлись отправной точкой для переговоров по Конвенции, диоксид серы (SO2) также упоминался в тексте Конвенции. Это привело к переговорам по первому основному протоколу по борьбе с загрязнением воздуха в рамках Конвенции, Хельсинкскому протоколу 1985 года о сокращении выбросов серы или их трансграничных потоков не менее чем на 30 процентов.
Вскоре выяснилось, что для снижения подкисления необходимо также устранить другие загрязнители. Было признано, что соединения азота способствуют подкислению. Кроме того, осаждение азота и его эвтрофицирующее воздействие, которое вызвало изменения в экосистемах, побудили Стороны Конвенции провести переговоры по Софийскому протоколу 1988 года, касающемуся контроля выбросов оксидов азота или их трансграничных потоков.
В последующие годы Стороны Конвенции признали, что летучие органические соединения (ЛОС) в дополнение к оксидам азота, которые уже регулировались в соответствии с Протоколом 1988 года, способствовали образованию приземного озона и других продуктов фотохимического окисления, вызывая ущерб растительности и посевам. Для сокращения выбросов ЛОС Стороны приняли Женевский протокол 1991 года о контроле за выбросами летучих органических соединений или их трансграничных потоков.
В то время как в первых трех основных протоколах к Конвенции (Протокол по сере 1985 года, Протокол по оксидам азота 1988 года и Протокол по ЛОС 1991 года) рассматривалось одно вещество за раз и предписывалось одинаковое фиксированное сокращение выбросов для всех Сторон, в Протоколе Осло 1994 года относительно дальнейшего сокращения выбросов серы был принят новый подход. Это был первый протокол, в котором обязательства по количественному сокращению были выведены из принципов рентабельности и эффективности. Его обязательства по сокращению были основаны на результатах смоделированных связей между выбросами SO2 в каждой стране и подверженностью различных экосистем с учетом чувствительности таких экосистем к подкислению. Таким образом, впервые Стороны провели переговоры на основе подхода, основанного на критических нагрузках, который позволил достичь согласованных выгод при минимальных общих затратах путем установления потолочных значений для выбросов серы в конкретной стране. Таким образом, это привело к разграничению обязательств Сторон Протокола по сокращению выбросов, открыв дверь для распределения бремени по принципу «загрязнитель платит», что можно считать новой вехой развития в Европе.
Последующие переговоры в рамках Конвенции были сосредоточены на двух других загрязнителях: тяжелых металлах и стойких органических загрязнителях (СОЗ). В двух протоколах, появившихся в результате этих переговоров, в Орхусском протоколе по стойким органическим загрязнителям (СОЗ) 1998 года и в Орхусском протоколе по тяжелым металлам 1998 года впервые была рассмотрена группа загрязнителей, что привело к появлению более сложных подходов к разработке протоколов.
Во многих отношениях Гётеборгский протокол 1999 года по борьбе с подкислением, эвтрофикацией и приземным озоном (Гётеборгский протокол) можно считать поворотным пунктом в истории Конвенции. Решение о пересмотре Протокола по оксидам азота постепенно переросло в объединенный пересмотр Протокола 1991 года по ЛОС и Протокола по сере 1994 года, кульминацией которого стал первый протокол по нескольким загрязнителям и нескольким эффектам. Основываясь на принципах рентабельности и эффективности, в Гётеборгском протоколе были определены конкретные национальные потолочные значения выбросов диоксида серы, оксидов азота, аммиака и летучих органических соединений.
Пересмотренный Гётеборгский протокол, вступивший в силу в 2019 году, также является первым обязательным соглашением, которое включает обязательства по сокращению выбросов мелких твердых частиц. Кроме того, впервые Стороны открыли новые возможности в международной политике в области загрязнения воздуха, в частности, включив недолговечный черный углерод (или сажу), загрязняющий климат, в качестве компонента конкретного вещества. Таким образом, сокращение выбросов твердых частиц (в том числе сажи) путем осуществления Протокола является важным шагом в сокращении загрязнения воздуха, одновременно способствуя сопутствующим климатическим выгодам.